MS Amanda - Identi­fi­kation von Proteinen aus Mass Spec Daten

FH OÖ Forschungs & Entwicklungs GmbH

Hagenberg | Website

Sonstige Forschungsinfrastruktur

Kurzbeschreibung

Proteine sind Moleküle, die aus Aminosäuren aufgebaut sind, und zählen zu den wichtigsten Grundbausteinen von Zellen. Ihre Funktionsweise zu vestehen ist der Schlüssel zum Verständnis der komplexen Vorgänge in Lebewesen; zahlreiche Krankheiten oder Veränderungen im Körper werden oft durch Veränderungen von Proteinen ausgelöst.
Der Algorithmus MS Amanda wurde entwickelt, um Proteine und Peptide (kleine Proteine bzw. Teile von Proteinen) aus hochauflösenden Massenspektrometrie-Daten identifizieren zu können. Moderne Tandem-Massenspektrometer ermöglichen es, Fragmente von Molekülen sehr genau zu bestimmen. MS Amanda ist in der Lage mehr Peptide und Proteine auf Basis von Massenspektrometrie-Daten richtig zu identifizieren als die derzeit als Gold-Standard gesehenen Algorithmen (speziell Mascot und Sequest). MS Amanda ist frei verfügbar und kann sowohl als Plugin für Proteome Discoverer als auch als eigenständiges Programm verwendet werden.

Ansprechperson

DI (FH) Viktoria Dorfer MSc

Research Services

Identifikation von Proteinen aus Massenspektrometriedaten

Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur

Bioinformatik, Proteomik, Medizin

DI (FH) Viktoria Dorfer MSc
Fakultät für Informatik, Kommunikation und Medien
050804-27139
viktoria.dorfer@fh-hagenberg.at
http://www.fh-ooe.at, http://bioinformatics.fh-hagenberg.at
IMP - Research Institute of Molecular Pathology, Wien
V. Dorfer, P. Pichler, T. Stranzl, J. Stadlmann, T. Taus, S. Winkler, K. Mechtler: "MS Amanda, a universal identification algorithm optimized for high accuracy tandem mass spectra". J Proteome Res. 2014 Aug 1;13(8):3679-84.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24909410