Kurzbeschreibung
Die CF Genomik umfasst eine Kombination von Geräten für die Durchführung genomweiter Expressions-, Genom- und Methylomanalysen; die CF ermöglicht räumliche Genomik und Proteomik (3-D Biologie) für Studien onkogener Signalwege und zellulärer Kommunikationsprozesse in gesunden und pathologischen Geweben; Geräteinfrastruktur: Nanostring GeoMX DSP, Illumina NextSeq 550; Affymetrix Gene Atlas Station; PyroMark Q24 Workstation; RotorQ qPCR Maschinen;
Ansprechperson
Univ.-Prof. Dr. Fritz Aberger
Research Services
DNA Methylierungsanalysen, globale und räumliche Genexpressionsanalysen, Exome Sequenzierungen; Genomsequenzierungen, Analyse von Signaltransduktionsmechanismen;NA Methylierungsanalysen, Globale Genexpressionsanalysen, Exome Sequenzierungen; Genomsequenzierungen, Analyse von Signaltransduktionsmechanismen;
Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur
Die Core Facility Genomik wird in nationalen und internationalen Kooperationsprojekten zur molekulargenetischen, epigenetischen und zellbiologisch/biochemischen Analyse biologischer Proben wie heterogener Krebsgewebe und Entzündungen eingesetzt. Im Fokus stehen die genomweite und räumliche Untersuchung der mRNA Expression, die Analyse epigenetischer Modifikationen wie DNA-Methylierungen bei Krebszellen sowie DNA Sequenzanalysen im Kontext biomedizinischer Fragestellungen.
Equipment
Salzburger Krebsforschungsinstitut
Fachbereich Biowissenschaften
Universitätsklinikum Salzburg
Cancer Cluster Salzburg
Universität Erlangen
Universität Göttingen
Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg
Universität Wien
Universität Ghent
Ludwig-Maximillian-Universität (LMU) München
Universität Linz
Paracelsus Medizinische Privatuniversität (PMU), Salzburg
2014-2017
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P25629
https://www.fwf.ac.at
Hedgehog-EGFR Signaltransduktion im Basaliom
2008-2011
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P20652
https://www.fwf.ac.at
Targeting E-cadherin - Functional role of E-cadherin shedding in Helicobacter pylori-associated carcinogenesis
2012-2017
Silja Wessler
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P_24074
https://www.fwf.ac.at
Cancer Cluster Salzburg
2017-2020
F. Aberger, J. Horejs-Hoeck, A. Risch, S. Wessler, C. Huber, R. Greil (SALK/PMU, SCRI)
Land Salzburg
www.cancercluster-salzburg.at
Epigenetics of Immunity in cancer (EPIC)
2019-2022
F. Aberger, J. Horejs-Hoeck
EU
www.plus.ac.at/aberger
BIOMED CENTER SALZBURG
2020-2023
F. Aberger
Land Salzburg
www.plus.ac.at/bio
2017
Feng Y, Wang Y, Liu H, Liu Z, Mills C, Han Y, Hung RJ, Brhane Y, McLaughlin J, Brennan P, Bickeboeller H, Rosenberger A, Houlston RS, Caporaso NE, Teresa Landi M, Brueske I, Risch A, Ye Y, Wu X, Christiani DC, Amos CI, Wei Q.
Scientific Reports 2017 Apr 11;7(1):825
DOI: 10.1038/s41598-017-00850-0.
Helicobacter pylori Employs a Unique Basolateral Type IV Secretion Mechanism for CagA Delivery.
2017
Tegtmeyer N, Wessler S, Necchi V, Rohde M, Harrer A, Rau TT, Asche CI, Boehm M, Loessner H, Figueiredo C, Naumann M, Palmisano R, Solcia E, Ricci V, Backert S.
Cell Host & Microbe 2017 Oct 11;22(4): 552-560.e5
DOI: 10.1016/j.chom.2017.09.005.
Hedgehog-EGFR cooperation response genes determine the oncogenic phenotype of basal cell carcinoma and tumour-initiating pancreatic cancer cells
2012
Eberl M, Klingler S, Mangelberger D, Loipetzberger A, Damhofer H, Zoidl K, Schnidar H, Hache H, Bauer HC, Solca F, Hauser-Kronberger C, Ermilov AN, Verhaegen ME, Bichakjian CK, Dlugosz AA, Nietfeld W, Sibilia M, Lehrach H, Wierling C, Aberger F.
EMBO Molecular Medicine
DOI: 10.1002/emmm.201100201
Epidermal activation of Hedgehog signaling establishes an immunosuppressive microenvironment in basal cell carcinoma by modulating skin immunity
2020
Sandra Grund-Gröschke, Daniela Ortner, Antal B Szenes-Nagy, Nadja Zaborsky, Richard Weiss, Daniel Neureiter, Martin Wipplinger, Angela Risch, Peter Hammerl, Richard Greil, Maria Sibilia, Iris K Gratz, Patrizia Stoitzner, Fritz Aberger
Mol. Oncology
DOI: 10.1002/1878-0261.12758
Context-dependent modulation of aggressiveness of pediatric tumors by individual oncogenic RAS isoforms.
2021
Bauer J, Cuvelier N, Ragab N, Simon-Keller K, Nitzki F, Geyer N, Botermann DS, Elmer DP, Rosenberger A, Rando TA, Biressi S, Fagin JA, Saur D, Dullin C, Schildhaus HU, Schulz-Schaeffer W, Aberger F, Uhmann A, Hahn H.
Oncogene
DOI: 10.1038/s41388-021-01904-4
DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer
2018
Gampenrieder SP, Rinnerthaler G, Hackl H, Pulverer W, Weinhaeusel A, Ilic S, Hufnagl C, Hauser-Kronberger C, Egle A, Risch A, Greil R..
Theranostics
doi: 10.7150/thno.23544