XENIUM Analyzer

Medizinische Universität Wien

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Open for Collaboration

Kurzbeschreibung

Die Xenium Analyzer-Plattform ist eine komplette End-to-End-Lösung, die ein robustes, vollautomatisiertes Hochdurchsatz-Analysegerät umfasst, mit dem Wissenschaftler Genexpression und Proteine auf subzellulärer Ebene in FF- und FFPE-konservierten Gewebeschnitten, die auf einem Xenium-Objektträger immobilisiert sind, visualisieren, quantifizieren und analysieren können. Eine breite Palette an validierten, anpassbaren Genpanels sowie vollständig benutzerdefinierte und gewebeübergreifende Panels sind verfügbar.

Die Plattform umfasst den Xenium Analyzer, ein robustes und vielseitiges Instrument für die Hochdurchsatzanalyse mit integrierten Analysefunktionen für die Verarbeitung von Bilddaten, die Lokalisierung von RNA- und Proteinsignalen und die Durchführung von Sekundäranalysen. Der Xenium-Workflow beginnt mit dem Schneiden von Gewebe auf einem Xenium-Objektträger. Die Schnitte werden dann behandelt, um die RNA zu erhalten und mit zirkulierenden DNA-Sonden zugänglich zu machen. Die DNA-Sonden werden von zwei Regionen flankiert, die unabhängig voneinander an die Ziel-RNA hybridisieren und zusätzlich eine genspezifische Barcode-Sequenz enthalten. Durch Ligation der Sondenenden entsteht eine zirkuläre DNA-Sonde, die enzymatisch vervielfältigt wird. Falls ein Teil der Sonde bindet, findet keine Ligation statt, wodurch Off-Target-Signale unterdrückt und eine hohe Spezifität gewährleistet werden.

Ansprechperson

Martin Bilban

Research Services

In-situ Spatial Transcriptomics

Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur

Für Forschungsprojekte aus nahezu allen Bereichen der Biomedizin, speziell der personalisierten und Präzisionsmedizin, besteht die dringende Notwendigkeit die Art der exprimierten Gene mit deren Lokalisation in Zellen und Geweben zu korrelieren. Mit diesem Wissen ist es möglich, den Einfluss der Mikro-Umgebung auf physiologische und pathologische Prozesse der Zellregulation besser zu beurteilen und zum Beispiel degenerative Erkrankungen oder die Entstehung von Tumoren auf subzellulärer Ebene zu untersuchen. Der Xenium Analyzer ermöglicht dabei die quantitative und simultane Lokalisation tausender unterschiedlicher RNA Moleküle in Einzelzellauflösung auf histologischen Gewebsschnitten in subzellulärer Auflösung.