Genomik

Universität Salzburg

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Core Facilities (CF)

Kurzbeschreibung

Die Core Facility Genomik umfasst eine Kombination von Geräten für die Durchführung genomweiter Expressions-, Genom- und Methylomanalysen, für Studien onkogener Signalwege, wie u.a. Illumina NextSeq 550, Affymetrix Gene Atlas Station, PyroMark Q24 Workstation, RotorQ qPCR Maschinen.

Ansprechperson

Prof. Dr. Fritz Aberger

Research Services

DNA Methylierungsanalysen
Globale Genexpressionsanalysen
Exome Sequenzierungen
Genomsequenzierungen
Analyse von Signaltransduktionsmechanismen;

Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur

Die Core Facility Genomik wird in nationalen und internationalen Kooperationsprojekten zur molekulargenetischen, epigenetischen und zellbiologisch/biochemischen und evolutionsbiologischen Analyse biologischer Proben und in erster Linien von Krebsgewebe und Immunzellen, sowie pflanzlicher Organismen eingesetzt.
Haupteinsatzgebiete sind die genomweite Untersuchung der mRNA, die Analyse epigenetischer Modifikationen mit Fokus auf DNA-Methylierungen bei Krebszellen sowie DNA Sequenzanalysen im Kontext evolutionsbiologischer und pflanzenwissenschaftlicher Fragestellungen.

Bitte kontaktieren Sie uns unter science.plus@sbg.ac.at, oder kontaktieren Sie direkt die/den FI-Verantwortliche/n
Schwerpunkt Allergy Cancer BioNano Research Centre (ACBN), Universität Salzburg
Salzburger Krebsforschungsinstitut
Paracelsus Medizinische Privatuniversität (PMU), Salzburg
Salzburger Landeskliniken
Universität Linz
Universität Erlangen
Universität Göttingen
Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg
Universität Wien
Universität Ghent
Ludwig-Maximillian-Universität (LMU) München
Hedgehog und Interleukin-6 Signaltransduktion im Basaliom
2014-2017
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P25629
https://www.fwf.ac.at

Hedgehog-EGFR Signaltransduktion im Basaliom
2008-2011
Fritz Aberger
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P20652
https://www.fwf.ac.at

Austrian Barcoding of Life (ABOL)
2017-2021
Andreas Tribsch
BMWFW

Galactinol in nematode induced syncytia
2014-2018
Holger Bohlmann (Boku Wien), Raimund Tenhaken, Maria Köhler
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P 27323

Targeting E-cadherin - Functional role of E-cadherin shedding in Helicobacter pylori-associated carcinogenesis
2012-2017
Silja Wessler
Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung: FWF P_24074
https://www.fwf.ac.at
Genetic variants of PTPN2 are associated with lung cancer risk: a re-analysis of eight GWASs in the TRICL-ILCCO consortium.
2017
Feng Y, Wang Y, Liu H, Liu Z, Mills C, Han Y, Hung RJ, Brhane Y, McLaughlin J, Brennan P, Bickeboeller H, Rosenberger A, Houlston RS, Caporaso NE, Teresa Landi M, Brueske I, Risch A, Ye Y, Wu X, Christiani DC, Amos CI, Wei Q.
Scientific Reports 2017 Apr 11;7(1):825
DOI: 10.1038/s41598-017-00850-0.

Helicobacter pylori Employs a Unique Basolateral Type IV Secretion Mechanism for CagA Delivery.
2017
Tegtmeyer N, Wessler S, Necchi V, Rohde M, Harrer A, Rau TT, Asche CI, Boehm M, Loessner H, Figueiredo C, Naumann M, Palmisano R, Solcia E, Ricci V, Backert S.
Cell Host & Microbe 2017 Oct 11;22(4): 552-560.e5
DOI: 10.1016/j.chom.2017.09.005.

Hedgehog-EGFR cooperation response genes determine the oncogenic phenotype of basal cell carcinoma and tumour-initiating pancreatic cancer cells
2012
Eberl M, Klingler S, Mangelberger D, Loipetzberger A, Damhofer H, Zoidl K, Schnidar H, Hache H, Bauer HC, Solca F, Hauser-Kronberger C, Ermilov AN, Verhaegen ME, Bichakjian CK, Dlugosz AA, Nietfeld W, Sibilia M, Lehrach H, Wierling C, Aberger F.
EMBO Molecular Medicine
DOI: 10.1002/emmm.201100201

Transient alkalinization of the leaf apoplast stiffens the cell wall during onset of chloride-salinity in corn leaves.
2017
Geilfus CM, Tenhaken R, Carpentier SC
The Journal of Biological Chemistry 292, 18800-18813
http://www.jbc.org/content/292/46/18800