Bioinformatik

Universität Salzburg

Salzburg | Website

Core Facilities (CF)

Kurzbeschreibung

Die Server-Infrastruktur umfasst 15 Hochleistungsrechner mit Multikernprozessoren (bis 3 GHz)
2 x Sun Fire V40z
7 x HP ProLiant
4 x SUN Fire X 4140
1 x supermicro 4 HE Dual
1 s supermicro 1 HE 2x10-core
2 x HE Intel Dual CPU
1 x LYNX CALLEO

Die PC-Infrastruktur umfasst ca. 20 Desktoprechner (Linux, Windows, MacOS X)

Ansprechperson

Prof. Dr. Manfred Sippl

Research Services

Die entwickelten Methoden (Proteinstrukturanalyse, Proteinstrukturvergleich, effiziente Proteinstruktursuche, Immunoinformatik etc.) werden der scientific community in Form von Software und Web Services zur Verfügung gestellt.

Methoden & Expertise zur Forschungsinfrastruktur

Speicherung von Proteinstrukturdaten
Berechnung von Proteinklassifikationen
Ableitung von Energiefunktionen zur Proteinstrukturanalyse
Identifizierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellen
Immunoinformatik
Software-Entwicklung
Datenanalyse

Vielfach werden die gewonnenen Ergebnisse auch als Web Service der scientific community zur Verfügung gestellt.

Prof. Dr. Manfred Sippl
Fachbereich Biowissenschaften
0043 662 8044 5797
manfred.sippl@sbg.ac.at
https://www.came.sbg.ac.at/
Bitte kontaktieren Sie uns unter science.plus@sbg.ac.at, oder kontaktieren Sie direkt die/den FI-Verantwortliche/n
MAESTROweb: a web server for structure based protein stability prediction
2016
Laimer J., Hiebl-Flach J., Lengauer D., Lackner P.
Bioinformatics
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/01/27/bioinformatics.btv769.abstract

Structure-Based Characterization of Multiprotein Complexes
2014
Wiederstein M., Gruber M., Frank K., Melo F., Sippl M.J.
Structure
http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2014.05.005

D-Light on promoters: a client-server system for the analysis and visualization of cis-regulatory elements
2013
Laimer J., Zuzan C.J., Ehrenberger T., Freudenberger M., Gschwandtner S., Lebherz C., Lackner P.
BMC Bioinformatics
http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-14-140

Detection of spatial correlations in protein structures and molecular complexes
2012
Sippl M.J., Wiederstein M.
Structure
http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2012.01.024

Real space refinement of crystal structures with canonical distributions of electrons
2011
Ginzinger S., Gruber M., Brandstetter H., Sippl M.J.
Structure
http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2011.10.011

High-performance signal peptide prediction based on sequence alignment techniques
2008
Frank K., Sippl M.J.
Bioinformatics
http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btn422

ProSA-web: interactive web service for the recognition of errors in three-dimensional structures of proteins
2007
Wiederstein M., Sippl M.J.
Nucleic Acids Research
http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm290

NQ-Flipper: recognition and correction of erroneous asparagine and glutamine side-chain rotamers in protein structures
2007
Weichenberger C.X., Sippl M.J.
Nucleic Acids Research
http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm263